Meskipun mirip seperti flashdisk yang digunakan untuk memudahkan data dibawa bepergian, harddisk eksternal memerlukan beberapa penanganan khusus. Hal ini dikarenakan hampir semua harddisk eksternal masih menggunakan harddisk 2,5 inci yang bagian dalamnya masih menggunakan piringan disk yang berputar, bukan harddisk SSD yang menggunakan chip memori seperti yang digunakan pada flashdisk. Simak beberapa tips berikut untuk merawat dan memperlama masa pakai harddisk eksternal kita, selain tindakan pencegahan standar perangkat elektrik seperti jangan sampai terkena air, jangan sampai terjatuh, jangan diletakkan di tempat yang bergetar atau terlindas ban mobil.
1. Walaupun jarang ditemui, berhati-hatilah dengan sumber gaya magnet tinggi seperti speaker audio aktif, monitor atau televisi jenis tabung, atau genset. Hindarkan dan jauhkan harddisk eksternal dari sumber gaya magnet yang dapat merusak atau menghilangkan data yang tersimpan di dalam disk.
2. Gunakan kabel USB bawaan pabrik atau yang disarankan oleh produsennya untuk menyambungkannya ke komputer/laptop. Menggunakan sembarang kabel USB dapat mengakibatkan harddisk kekurangan daya atau bahkan mengalami korsleting.
3. Selalu gunakan fitur safely remove hardware setiap kali akan mencabut koneksi USB yang tersambung ke harddisk eksternal. Jika kita sering lupa melakukan ini, ada risiko kerusakan pada papan elektronik yang menghubungkan harddisk dengan kabel USB dan kerusakan internal pada head pembaca disk atau disk yang berputar itu sendiri.
4. Setelah layar komputer/laptop menunjukkan bahwa harddisk sudah siap untuk dilepas, jangan langsung membawa atau mengangkat harddisk eksternal ini. Tunggulah beberapa detik sampai putaran disk dalam harddisk benar-benar berhenti. Letakkan beberapa jari Anda pada harddisk untuk merasakan hardisk yang masih berputar atau sudah berhenti berputar.
5. Masukkan harddisk eksternal di kantong atau dompet khusus yang empuk sebelum dibawa atau diletakkan di dalam tas. Contoh pada gambar berikut adalah tas atau dompet khusus harddisk eksternal yang mampu melindungi harddisk dari benturan ringan atau tekanan lain yang tidak diinginkan saat berada dalam tas.